TMT蛋白质组学探究案例：2021年9月，安徽农业大学张照亮教授课题组在Journal of Agricultural and Food Chemistry期刊发表了题为“Nitrogen-Regulated Theanine and Flavonoid Biosynthesis in Tea Plant Roots: Protein-Level Regulation Revealed by Multiomics Analyses”的研究成果，通过TMT蛋白质组学和泛素化蛋白质组学研究方法，发现了氮缺乏条件下茶树根部响应的差异表达蛋白和泛素化蛋白质，为茶氨酸和黄酮类生物合成的调控提供了新的见解...

采用TMT标记定量蛋白质组学技术对三个脱水特殊阶段（21、27和40DAP）的新鲜莲种胎进行了蛋白质组学分析，共鉴定了5,477个蛋白质。对测试样本进行了PCA分析，结果显示，不同组间样品具有很好的区分，每组的三个重复样本被聚集在一起。PCA的前两个成分占总方差的70％以上（图2A）。三个试验组之间共有815个差异表达蛋白。其中，198个（32%）和198个（26%）蛋白质丰度增加，而420个（68%）和558个（74%）蛋白质丰度在27DAP和40DAP组分别下降（图2B）。只有30个蛋白质的丰度在27DAP和40DAP组之间具有***变化（图2C）。蛋白组学，研究方法，高通量定性定量研究,...

TMT标记定量蛋白质组学研究案例：2021年12月威尔康奈尔医学中心和纪念斯隆凯特琳**中心的Linda T. Vahdat 和 Vivek Mittal教授课题组在Nature Communications期刊发表的题为 “Copper depletion modulates mitochondrial oxidative phosphorylation to impair triple negative breast cancer metastasis”的研究成果，通过蛋白质组学和代谢组学研究方法，发现了高度转移性 SOX2/OCT4+ 细胞的离散亚群表现出细胞内铜水平升高特征，探究了TM...

蛋白质组学研究方法研究案例：2021年10月，中国科学院上海营养与健康研究所武爱波研究员课题组在Ecotoxicology and Environmental Safety发表了题为“Mycotoxin deoxynivalenol affects myoblast differentiation via downregulating cytoskeleton and ECM-integrin-FAK-RAC-PAK signaling pathway"的研究成果，通过转录组学和蛋白质组学研究方法，探究了脱氧雪腐镰刀菌烯醇（DON）对成肌细胞分化的影响，发现了DON处理使得细胞骨架蛋白和细胞外...

随着质谱技术的飞速发展，特别是离子淌度的引入，增加了一个新的分离维度，将蛋白质组研究推进到全新的“4D蛋白质组”层面，打破了基于质谱的蛋白质组学研究的瓶颈，大幅度的提高扫描速度和检测灵敏度，带来蛋白质组学在鉴定深度、检测周期、定量准确性等性能的***提升，可以更好的解决大队列、复杂体系以及微量样本的检测。相比于timsTOF Pro，timsTOF Pro 2 配备了***一代双TIMS分析器，离子容量可提高三倍。经过简化的离子透镜比较大限度地提高了离子传输效率和灵敏度，为4D-多组学建立了新的标准。CCS 值的加入让组学结果更精细，也使timsTOF Pro 2成为转化组学应用不可或缺的工具...

在本研究中，利用iTRAQ标记定量蛋白组学方法对东京野茉莉种子发育的4个时间点采样进行蛋白质组学分析。获得了2338个蛋白和1473个DEPs。Mfuzz聚类分析显示，在种子发育过程中，转录本和蛋白质组之间存在相当大的时序一致性。在四个发育时期中，花后70天（种子发育活跃期）是视为东京野茉莉种仁发育的关键时期：在该阶段与脂肪酸生物合成相关的功能基因和酶蛋白均达到表达峰值，同时种仁内部大部分营养物质开始迅速积累。通过转录组数据和蛋白质组数据综合分析油脂合成的调控网络，乙酰CoA羧化酶和**酸脱氢酶两个酶体系处于中心位置，在脂肪酸的合成过程中具有主导作用。蛋白验证新技术-PRM,平行反应监视蛋白组...

蛋白质磷酸化修饰是指在磷酸化激酶的作用下将ATP的磷酸基转移到蛋白质特定氨基酸上的过程，是生物体内**为常见、**为重要的翻译后修饰之一。生物体内蛋白质的磷酸化修饰是一个瞬时且可逆的过程，通过磷酸化修饰可以改变蛋白质空间构象，从而影响蛋白质的定位、活性及其与其他蛋白的相互作用上海鹿明生物科技有限公司多年来，一直专注于生命科学和生命技术领域，是国内早期开展以蛋白组学和代谢组学为基础的多层组学整合实验与分析的团队。影响因子：13.511发表时间：2022-01-06发表单位：***医学研究院生物工程研究所运用生物技术：磷酸化蛋白质组学（欧易鹿明提供）、LC-MS靶向代谢组学蛋白质组学基本策略 研究...

为了验证iTRAQ标记蛋白组学分析测定的蛋白积累变化，选择两种蛋白进行westernblot分析。如图4A所示，iTRAQ分析中两种蛋白(RPD3和VMA3)的积累每次均与westernblot数据一致。RPD3、TOR1、VMA3和VAC8在基因水平上的相对表达量与蛋白水平相似，在BF的菌丝中也表达上调(图4B-D)。VAC8在2－1、3－1、4－1组的基因水平上高度上调。这些结果表明，这些上调的表达蛋白可能是香菇BF形成的重要蛋白。本研究利用标记定量(iTRAQ)蛋白质组学、基于气相色谱-质谱的代谢组学GC-MS非靶向代谢组学和透射电镜分析细胞结构，研究了香菇菌丝后熟转色形成的机制，并且*...

蛋白质组学技术研究案例：作为一种常见的******，脱氧雪腐镰刀菌烯醇(DON)在田间或加工和储存过程中会污染谷物和饲料。DON在动物中会引起厌食和生长迟缓在内的一系列不良反应。本文作者使用转录组学和蛋白质组学技术对鼠C2C12细胞进行了研究，分析DON对成肌细胞分化的影响。研究结果表明，DON通过下调细胞骨架和ECM-integrin-FAK-RAC-PAK信号通路来影响成肌细胞的分化。本文研究体现了组学技术在机制研究中的重要作用。中文标题：霉菌***脱氧雪腐镰刀菌烯醇通过下调细胞骨架和ECM-integrin-FAK-RAC-PAK信号通路影响成肌细胞分化研究对象：脱氧雪腐镰刀菌烯醇、C2...

作者通过iTRAQ蛋白质组学技术鉴定敲低NMT1后发生变化的蛋白质。结果鉴定到三种上调蛋白(LXN,RPL29andFAU)和六种下调蛋白（NMT1,MTPN,AHSG,ALB,GON7andTF）（图2A）。作者将这些蛋白质分别命名为N-豆蔻酰化下调蛋白(NDP)和上调蛋白(NUP)。有趣的是，敲低NMT1会减少NDP和NUP的N-豆蔻酰化，而过表达NMT1会诱导NDP和NUP的N-豆蔻酰化（图2B）。在小鼠模型中，敲除NMT1会导致NDP和NUP的去N-豆蔻酰化，这可以通过在肝脏中表达外源性NMT1来部分逆转（图2C）。这些发现表明，尽管NMT1对NDP和NUP的表达起着相反的作用，但NM...

采用RNA-Seq转录组学分析和DIA蛋白质组学分析，研究了AC和AL对db/db小鼠的影响。转录组分析共鉴定出16812种不同的蛋白质编码转录本。其中，2837个（约16.9%）在正常组和对照组之间有***差异，表明db/db小鼠在转录水平上与野生型小鼠***不同。与对照组相比，共有3749个基因因摄入AC而发生***改变（2201个下调，1548个上调），560个基因（430个下调，130个上调）因摄入AL而发生***改变（图3B）。DIA蛋白质组学分析鉴定出2729种蛋白质。正常组和对照组之间共发现1059个（约占总鉴定蛋白质的38.8%）DEPs，AC处理有230个蛋白质发生***变化...

作者运用iTRAQ标记定量蛋白组学对种子发育过程中蛋白质表达的定量比较，同时进行GO和KEGG通路富集分析。结果表明所有鉴定的蛋白被分为29类，主要涉及翻译和碳水化合物代谢。并且作者绘制了p值小于0.01的前20条KEGG通路的气泡图。在三对比较中，普遍富集的途径包括脂肪酸降解、苯丙素生物合成和脂肪酸代谢。其中，参与α-亚麻酸代谢的DAPs在S3 vs. S1组和S4 vs. S1组中都非常活跃。为了评估转录组和蛋白质组之间的一致性，以及了解转录后的mRNA在蛋白质水平上是如何表现的，作者进行了RNA-seq和iTRAQ分析的联合分析。证明DEGs和DAPs参与类黄酮的生物合成和脂肪酸代谢。修...

运用生物技术：磷酸化蛋白质组学（欧易鹿明提供）：2022年1月，***医学研究院生物工程研究所钟辉研究员、魏从文副研究员和秦成峰研究员，广西医科大学附属**医院吴飞翔教授等为共同通讯作（一作：万禄明、邓永强、柯跃华、麻恩浩、杨欢、林浩天）在Nature Metabolism期刊发表的题为“GP73 is a glucogenic hormone contributing to SARS-CoV-2-induced hyperglycemia”的研究成果，通过磷酸化蛋白质组学、LC-MS靶向代谢组学等研究方法，发现了一个全新的糖异生调控***——GP73，***会诱导GP73的产生和分泌，从而导...

2022年2月，亚特兰大埃默里大学医学院的Erik C. B. Johnson课题组在Nature neuroscience发表了题为 “Large-scale deep multi-layer analysis of Alzheimer’s disease brain reveals strong proteomic disease-related changes not observed at the RNA level”的研究成果，通过基因组学、转录组学、TMT标记定量蛋白质组学、代谢组学的研究方法，揭示了新的与AD相关的蛋白共表达模块，部分模块在RNA的网络中不存在。这为开发疾病***...

本研究通过生理和蛋白质组学分析在冬油菜中鉴定了大量的冷胁迫响应蛋白。探讨了冬油菜耐冻性增强的机理和低温胁迫对冬油菜形态和生理生化变化的影响。文章以耐冻型Longyou 7和冷敏感型Lenox为材料，通过iTRAQ标记蛋白组学和转录组学分析，揭示了谷胱甘肽转移酶活性、碳水化合物结合和谷胱甘肽结合、代谢过程及IAA反应与冷应激反应密切相关，鉴定出了Longyou 7和Lenox之间的DAPs，这些DAPs参与氨基酸、碳水化合物、脂质和能量代谢，对提高冬油菜的耐冻性发挥了重要作用。蛋白质组学,蛋白质组分析,专业的多组学联合分析。广东线粒体蛋白组学为了验证TMT蛋白组学数据，作者选择了18个与莲种胚脱...

转录组学和蛋白质组学分析作者通过转录组学和蛋白质组学分析暴露于DON的C2C12细胞的差异基因（DEG）。转录组学鉴定了2387个DEG，其中72%被下调。蛋白质组学鉴定出402个DEG，其中74%被下调。GO和KEGG通路富集分析表明，转录组学DEGs参与了“男性主要性征的发育”、“骨骼肌肌球蛋白粗丝组装”和“骨骼肌收缩的调节”等生物学过程。**富集的通路是“ECM-受体相互作用”、“人**瘤病毒***”和“蛋白质消化吸收”。蛋白质组学分析中，富集到了“肌肉收缩”、“中间丝解聚”和“脂质转运”等生物学过程。细胞成分中富集到“细胞骨架”、“细胞外基质”和“整合素”。KEGG通路富集到“新霉素、...

作者进行了综合分析，将蛋白组学和代谢组学中的***生物标志物合并到通路分析中，并确定了半乳糖代谢、戊糖和葡萄糖醛酸盐相互转化、柠檬酸盐循环和**酸代谢这几种途径。然后结合蛋白质和代谢标志物来预测DKD状态。五种机器学习模型表明，组合模型提高了DKD预测的准确性和稳定性。图中展示了RF的结果。总的来说，组合多组学标志物模型是一种强有力的提高DKD诊断的方法。1.蛋白组学结果表明，α2-巨球蛋白、组织蛋白酶D和CD324可作为检测DKD进展的潜在生物标志物。2.代谢组学结果表明，半乳糖代谢和甘油脂代谢是DKD的主要代谢途径，此外甘油-3-半乳糖苷可作为预测DKD的**标志物。3.蛋白组学和代谢组学...

运用生物技术：磷酸化蛋白质组学（欧易鹿明提供）：2022年1月，***医学研究院生物工程研究所钟辉研究员、魏从文副研究员和秦成峰研究员，广西医科大学附属**医院吴飞翔教授等为共同通讯作（一作：万禄明、邓永强、柯跃华、麻恩浩、杨欢、林浩天）在Nature Metabolism期刊发表的题为“GP73 is a glucogenic hormone contributing to SARS-CoV-2-induced hyperglycemia”的研究成果，通过磷酸化蛋白质组学、LC-MS靶向代谢组学等研究方法，发现了一个全新的糖异生调控***——GP73，***会诱导GP73的产生和分泌，从而导...

随着美国临床蛋白质组**分析项目（CPTAC）和中国人类蛋白质组计划(CNHPP)等大型蛋白质组学研究计划的推进，发表了一系列**的大规模人群多组学分析文章[2,3]。这些高分文章通过基因组学、转录组学、蛋白质组学、磷酸化蛋白质组学、代谢组学、微生物组学等技术，在上百例的病例样本中***表征了某种**的分子特征。对比这些文章，可以发现蛋白质组学数据在多组学数据分析中逐渐成为**结果，且蛋白质组学数据分析有些共同特点，即：1）基于蛋白质组进行**分子分型2）分析不同亚型患者的临床特征3）免疫、代谢、突变、微生物等**领域研究热点在不同亚型中的差别分析4）筛选亚型特征分子作为预后标志物或潜在的药靶...

随着美国临床蛋白质组**分析项目（CPTAC）和中国人类蛋白质组计划(CNHPP)等大型蛋白质组学研究计划的推进，发表了一系列**的大规模人群多组学分析文章[2,3]。这些高分文章通过基因组学、转录组学、蛋白质组学、磷酸化蛋白质组学、代谢组学、微生物组学等技术，在上百例的病例样本中***表征了某种**的分子特征。对比这些文章，可以发现蛋白质组学数据在多组学数据分析中逐渐成为**结果，且蛋白质组学数据分析有些共同特点，即：1）基于蛋白质组进行**分子分型2）分析不同亚型患者的临床特征3）免疫、代谢、突变、微生物等**领域研究热点在不同亚型中的差别分析4）筛选亚型特征分子作为预后标志物或潜在的药靶...

蛋白质组学技术研究案例：作为一种常见的******，脱氧雪腐镰刀菌烯醇(DON)在田间或加工和储存过程中会污染谷物和饲料。DON在动物中会引起厌食和生长迟缓在内的一系列不良反应。本文作者使用转录组学和蛋白质组学技术对鼠C2C12细胞进行了研究，分析DON对成肌细胞分化的影响。研究结果表明，DON通过下调细胞骨架和ECM-integrin-FAK-RAC-PAK信号通路来影响成肌细胞的分化。本文研究体现了组学技术在机制研究中的重要作用。中文标题：霉菌***脱氧雪腐镰刀菌烯醇通过下调细胞骨架和ECM-integrin-FAK-RAC-PAK信号通路影响成肌细胞分化研究对象：脱氧雪腐镰刀菌烯醇、C2...

蛋白质组学、磷酸化蛋白质组学研究案例：2021年12月30日复旦大学附属中山医院樊嘉院士、中国科学院上海药物研究所周虎研究员、中国科学院分子细胞科学***创新中心高大明研究员、复旦大学附属中山医院**教授课题组合作在Cancer Cell上发表题为“Proteogenomic characterization identifies clinically relevant subgroups of intrahepatic cholangiocarcinoma”的研究论文，通过基因组学、转录组学、蛋白质组学、磷酸化蛋白质组学、微生物组学研究方法对262例肝内胆管*（iCCA）患者的配对**和*旁...

4D蛋白质组学分析发现，不同的病因和疾病的严重程度中蛋白表达存在差异。严重的疾病同急性期的蛋白的增加，补体系统蛋白及功能相关的蛋白相关；通过COVID-19和健康组对比，发现了49%的差异分析物；和脓毒症相比，G-CSF，IL-8等在严重的COVID-19患者中含量更低；蛋白和临床相关性分析则发现临床特征和某些蛋白呈强相关性。本研究通过4D蛋白组学技术结合其他组学技术及免疫技术，确定了COVID-19免疫特征和宿主反应等相关因素，并为进一步COVID-19的***打下了良好的基础。蛋白组+代谢组+脂质组-数据分析系统。浙江蛋白组学 质谱4D蛋白质组学：2022年3月，牛津大学Julian C....

蛋白质磷酸化修饰是指在磷酸化激酶的作用下将ATP的磷酸基转移到蛋白质特定氨基酸上的过程，是生物体内**为常见、**为重要的翻译后修饰之一。生物体内蛋白质的磷酸化修饰是一个瞬时且可逆的过程，通过磷酸化修饰可以改变蛋白质空间构象，从而影响蛋白质的定位、活性及其与其他蛋白的相互作用上海鹿明生物科技有限公司多年来，一直专注于生命科学和生命技术领域，是国内早期开展以蛋白组学和代谢组学为基础的多层组学整合实验与分析的团队。影响因子：13.511发表时间：2022-01-06发表单位：***医学研究院生物工程研究所运用生物技术：磷酸化蛋白质组学（欧易鹿明提供）、LC-MS靶向代谢组学TMT/iTRAQ标记定...

随着美国临床蛋白质组**分析项目（CPTAC）和中国人类蛋白质组计划(CNHPP)等大型蛋白质组学研究计划的推进，发表了一系列**的大规模人群多组学分析文章[2,3]。这些高分文章通过基因组学、转录组学、蛋白质组学、磷酸化蛋白质组学、代谢组学、微生物组学等技术，在上百例的病例样本中***表征了某种**的分子特征。对比这些文章，可以发现蛋白质组学数据在多组学数据分析中逐渐成为**结果，且蛋白质组学数据分析有些共同特点，即：1）基于蛋白质组进行**分子分型2）分析不同亚型患者的临床特征3）免疫、代谢、突变、微生物等**领域研究热点在不同亚型中的差别分析4）筛选亚型特征分子作为预后标志物或潜在的药靶...

文章使用TMT标记定量蛋白质组学的方法，分析鉴定了差异表达的蛋白质，对下调的蛋白质进行基因本体论(GO)分析，显示下调参与线粒体电子传递链（ETC）的途径富集，证明了TM处理特别影响了具有较高细胞内铜水平的SOX2/OCT4+细胞中的线粒体ETC途径。确定TM介导的铜依赖性线粒体复合物IV失活是SOX2/OCT4+群体中的主要代谢缺陷。研究结果确定了铜-代谢-转移轴，并强调了其作为高危TNBC患者的下一代治疗方法的潜力。蛋白质组学分析确定了富含线粒体功能的途径。细胞色素c氧化酶 (Complex IV) 是一种线粒体金属酶，是线粒体ETC的终末酶。修饰蛋白质组试剂及服务，蛋白质组学解决方案。浙...

4D蛋白质组学分析发现，不同的病因和疾病的严重程度中蛋白表达存在差异。严重的疾病同急性期的蛋白的增加，补体系统蛋白及功能相关的蛋白相关；通过COVID-19和健康组对比，发现了49%的差异分析物；和脓毒症相比，G-CSF，IL-8等在严重的COVID-19患者中含量更低；蛋白和临床相关性分析则发现临床特征和某些蛋白呈强相关性。本研究通过4D蛋白组学技术结合其他组学技术及免疫技术，确定了COVID-19免疫特征和宿主反应等相关因素，并为进一步COVID-19的***打下了良好的基础。蛋白质组学-鹿明生物丨欧易生物。广东蛋白组学 数据分析通过蛋白质组学+转录组学研究方法，发现大黄素引发外泌体通过抑...

蛋白质组定量到了10,529种蛋白质，磷酸化蛋白质组定量到了来自9,832个磷酸化蛋白的62,879个磷酸化位点。基因组确定了包括TP53、KRAS、FGFR2、IDH1/2、BAP1、ARID1A和PBRM1在内的16个***改变的**驱动基因（图1A）。与西方iCCA人群队列相比，本文队列显示出更高的KRAS突变频率和更低的IDH1、ARID1A和TERT突变频率（图1B）。在FU-iCCA队列中观察到黄曲霉***和马兜铃酸特征（图1C）。通过比较具有或不具有黄曲霉***特征的所有**的多组学数据，发现具有黄曲霉***特征的**显示出DNA修复和细胞周期通路的上调以及细胞凋亡、***炎症和...

蛋白组学技术是以蛋白质组为研究对象，研究细胞、组织或生物体蛋白质组成及其变化规律的科学。DIA作为一种新的质谱数据采集方式稳定性高，覆盖度广的优点。DIA蛋白组学技术已经越来越多的疾病研究中发挥重大作用。本研究通过DIA蛋白组学技术分析了8个SAPHO病人和8个健康人的蛋白表达谱。蛋白表达的相关性图显示组内相关性良好，差异蛋白的PCA图显示两组得到明显的区分。蛋白质组学通过研究生物样本中蛋白质组成和变化，从而推动疾病的病理机制研究，为临床诊断和预后提供潜在生物标志物。蛋白组学常见研究模式,蛋白样本准备注意事项以及经典案例解读。江西蛋白组学研究是什么蛋白质组学技术研究案例：作为一种常见的****...

蛋白质组学(由鹿明生物提供技术支持)；2021年8月，中国医学科学院基础医学研究所赵春华和韩钦课题组在Aging and disease期刊发表了题为“MSC-derived Exosomes can Enhance the Angiogenesis of Human Brain MECs and show Therapeutic Potential in a Mouse Model of Parkinson's Disease”的研究成果，通过蛋白质组学研究方法，发现了间充质干细胞衍生的外泌体可以通过增加ICAM1的表达来促人脑MECs血管生成，并减轻MPP+对细胞的损伤，***间充质干细胞...