国内病毒高通量测序突变分析

一直以来，病毒基因组测序都是疾病诊断、流行病学调查和宿主-病原关系研究的重要手段。病毒的全基因组测序以及对应的生物信息学分析方法是研究病毒进化、毒力因子变异、疫病爆发之间的关系、疫病传播途径、不同遗传变异的分布模式、疫病发生地理区域的基础。与传统Sanger测序相比，NGS技术的发展使得一个小的研究小组可以拥有大量病毒株的全基因组序列，测序成本也在逐步降低。由于NGS产生的数据量非常庞大，其序列拼接难度也随之增加。而且对于低浓度高复杂度的样本，研究者除了PCR外别无他法。而PCR方法往往具有偏好性，丢失的片段将为序列组装带来非常高的失败率。对于完全未知的样本，无法通过PCR进行富集，要鉴定其种类需要调用各种方法，逐个尝试工作量之大，其效率之低，使得一个新的研究方法的出现及其必要。

病毒全基因组测序具有的特点：独有的一定定量技术，实现病原定量分析。国内病毒高通量测序突变分析

高通量测序技术又称“下一代“测序技术或深度测序技术，可以一次性对几十万至几百万条DNA分子进行序列测定。现已普遍应用在基因组测序、基因表达分析、非编码小分子RNA鉴定、转录因子靶基因筛选及DNA甲基化等相关的研究领域。高通量测序技术是对传统测序一次性的改变，一次对几十万到几百万条DNA分子进行序列测定，因此在有些文献中称其为下一代测序技术(nextgenerationsequencing)足见其划时代的改变，同时高通量测序使得对一个物种的转录组和基因组进行细致全貌的分析成为可能，所以又被称为深度测序(deepsequencing)。

国内二代测序分析原理病毒全基因组测序平台，锻炼出—批精通测序的检测队伍。

高通量测序技术具有的作用：高通量测序技术在冠状病毒的鉴定中发挥了重要作用，先通过该技术确认了该病原为以前未知的β冠状病毒，其次确认了该病毒与蝙蝠相关冠状病毒ZC45和ZXC21密切相关，同源性约为88%，后高通量测序为后续的诊断提供了强有力的技术支撑。高通量测序能否定向检测细菌病毒等微生物？例如某人有皮肤病，提取组织，能否通过高通量测序来检测后列出所有的致病菌。或者当怀疑的时候，在人体组织中检测是否有某种特定的细菌或者病毒。（不求原理），就是想知道现在的测序技术能否替代传统临床检验方法。相比传统培养等方法，对样本的全微生物检测，或者特定微生物检测，基因测序技术目前的时间消耗，准确率，和金钱成本大概如何。可以定向检测，用特异引物就可以。

二代测序应用的患者类型的推荐：共识明确指出了二代测序应用的患者类型及使用的时机的意见:对于神经系统急性传染/血流传染/呼吸道传染患者，3天是二代测序使用的时机，在传统方法(常规的生化检查和培养)3天未报阳性且经验性调整无效时，强烈推荐二代测序检测；对疑似病毒传染患者，包括：疑似神经系统病毒传染和病毒性肺炎且病情持续进展的患者，若完善传统PCR检测后依然未获得明确的病原学证据时，强烈推荐二代测序检测。对于疑似局灶性传染患者完成常规的生物化学、培养或PCR检测后，若未能获取病原学诊断结果，推荐将二代测序作为检测方法。而对于怀疑继发性血流传染患者：在原发传染灶的病原学检测为阴性或因各种因素无法送检合适标本的情况下，可考虑将血标本的二代测序检测作为二线检测。

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病毒基因组测序的标准有：测序的完成程度，决定着基因组的下游应用，包括设计诊断产品、反向遗传系统以及开发调整对策等。研究团队希望能够通过五条标准来填补这样的空白，这些标准涵盖了完成病毒基因组的整个阶段，使用不依赖测序技术的简单条件规定了五个类别。不同的测序技术可能会很快淘汰更新，因此我们这些标准没有关联任何特定的测序平台，可以长时间的使用下去。一种基于二代测序的pedv病毒基因组分析方法。目前现有的pedv分析方法两方面的局限，第1，pedv病毒二代测序数据中存在部分甚至大量的宿主猪的基因组序列，宿主基因组的污染会影响pedv病毒基因组的拼接。第二，拼接预测病毒基因结构的方法主要是genemarks等预测软件，但由于pdev病毒基因组中基因相互重叠，其中基因内部还存在ribosomalframeshift现象，现有的基因预测软件并不能准确识别出正确的基因结构。

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病毒全基因测序不仅需要精密的仪器设备，也需要检测人员具有丰富的经验和过硬的技术。国内病毒高通量测序突变分析

病毒全基因组测序定：探普生物对病毒的全基因组进行测序的实验基于二代测序技术。样本经过核酸纯化-文库构建-生物信息学分析这3大基本流程后转换成了序列数据。先，在核酸纯化环节，探普提供专门针对性的核酸纯化样本指南，以提高目的物种的核酸纯度和得率，与此同时探普生物也提供核酸纯化服务。第二，文库构建环节，样本的核酸具备浓度低，总量少的特点。探普生物专门针对这一点开发了超微量核酸文库构建，可以将0.01ng/μl甚至更低浓度的核酸构建成测序文库。第三，生物信息学分析环节。生存环境和状态决定了对病毒的全基因组进行测序的下机数据一般都伴随大量的宿主和其他微生物的数据。探普生物基于该特点，优化了自有数据库，搭载了专门用的的生物信息学分析流程，可处理复杂背景下的目标物种序列。

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