北京全基因组病毒测序分析上哪找

一直以来，病毒基因组测序都是疾病诊断、流行病学调查和宿主-病原关系研究的重要手段。病毒的全基因组测序以及对应的生物信息学分析方法是研究病毒进化、毒力因子变异、疫病爆发之间的关系、疫病传播途径、不同遗传变异的分布模式、疫病发生地理区域的基础。与传统Sanger测序相比，NGS技术的发展使得一个小的研究小组可以拥有大量病毒株的全基因组序列，测序成本也在逐步降低。由于NGS产生的数据量非常庞大，其序列拼接难度也随之增加。而且对于低浓度高复杂度的样本，研究者除了PCR外别无他法。而PCR方法往往具有偏好性，丢失的片段将为序列组装带来非常高的失败率。对于完全未知的样本，无法通过PCR进行富集，要鉴定其种类需要调用各种方法，逐个尝试工作量之大，其效率之低，使得一个新的研究方法的出现及其必要。

想要通过高通量测序获得病毒全序列，需要经历:核酸纯化-文库构建-生物信息学分析这三大基本流程.北京全基因组病毒测序分析上哪找

全基因组测序要注意的事项：全基因组测序是对未知基因组序列的物种进行个体的基因组测序。技术路线：提取基因组DNA，然后随机打断，电泳回收所需长度的DNA的片段（0.2~5Kb），加上接头,进行DNA簇（Cluster）制备，后利用Paired-End（Solexa）或者Mate-Pair（SOLiD）的方法对插入片段进行测序。然后对测得的序列组装成Contig，通过Paired-End的距离可进一步组装成Scaffold，进而可组装成染色体等。组装效果与测序深度与覆盖度、测序质量等有关。常用的组装有：SOAPdenovo、Trimity、Abyss等。测序深度（Sequencingdepth）是指测序得到的碱基总量（bp）与基因组大小的比值，它是评价测序量的指标之一。测序深度与基因组覆盖度之间是一个正相关的关系，测序带来的错误率或假阳性结果会随着测序深度的提升而下降。测序的个体，如果采用的是双末端或Mate-Pair方案，当测序深度在50X~100X以上时，基因组覆盖度和测序错误率控制均得以保证，后续序列组装成染色体才能变得更容易与准确。

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对病毒的全基因组进行测序：对病毒的全基因组进行测序主要是通过非特异性扩增+克隆结合sanger测序来完成的。当物种有了参考的序列之后，可以通过特异性扩增+sanger测序获得全基因组序列。Sanger测序准确度高，读长很长，但与此同时，扩增和克隆工作费时费力，由于流程繁琐，加上快速变异导致引物无法通用，该方法对于大量基因组的测序工作而言，可操作性不强，这对于研究者一直是一个困扰。高通量测序技术正式启用之后，研究者可以将样品处理至标准浓度和体积后进行测序和分析，减少了工作量，增加了成功率。探普生物进行了大量有针对性的研发和测试，开发了全套的实验和分析流程用于对病毒的全基因组进行测序，该流程自运行以来广受研究者们好评。

需要对病毒的全基因组进行测序的应用场景：在探普生物长时间运行过程中，我们接触到的对病毒的全基因组进行测序项目有比较丰富的应用场景。先，从事基因进化/疫苗/药品/抗体研制方向的研究的研究者一定会用到测序。这种场景一般是用密集的sanger测序监测某几个关键基因，搭载一定频率的全基因组测序。这样的组合省时省力省经费，同时能达到研究目的。此外，有的单位需要对传染病的病原进行流行病学监测和研究，如疾控/疫控中心、医院的传染病科室以及一些高校和研究所的相应课题组，可能需要对病毒的全基因组进行测序以后，结合其他上下游的研究数据，达到研究或者监测疫病的目的。

病毒全基因组测序具有的特点:独有的一定定量技术，实现病原定量分析.

病毒的基因重组特点是什么？ 灭活病毒间也会发生重组 ：例如用紫外线灭活的两株同种病毒，一同培养常可使灭活的病毒复活产生出侵染性病毒体，此称为多重复活（Multiplicity reactivation），这是因为两种病毒核酸上受损害的基因部位不同，由于重组相互弥补而得到复活。因此现今不用紫外线灭活病毒制造疫苗，以防复活。 死活病毒间发生重组 ：例如将能在鸡胚中生长良好的甲型流感病毒（A0或A1亚型）疫苗株经紫外线灭活后，再加亚洲甲型（A2亚型）活流感病毒一同培养，产生出具有前者特点的A2亚型流感病毒，可供制作疫苗，此称为交叉复活。对病毒全基因组进行测序，是利用生物信息分析手段,得到病毒的全基因组序列。全基因组病毒二代测序分析

从事病原流行病学监测和研究的工作者需要将病毒全基因组测序结合其他上下游的研究数据。北京全基因组病毒测序分析上哪找

RNA/DNA病毒测序对病毒基因组进行测序是快速了解病毒突变、毒力变化、病毒型别的有效方法。可以根据病毒基因组大小和类型，采用PCR、RT-PCR或shotgun测序法，对病毒的部分或全长基因组测序，结果准确可靠。服务标准:测出的序列准确性在99%以上;病毒全基因组测序测出序列在总基因组大小95%以上;数小于5个;Shotgun测序的覆盖度在6以上;PCR和RT-PCR测序达到2。服务说明：1、提供病毒DNA或RNA作为样品。2、PCR测序的DNA样品总量大于5μg，浓度大于20ng/μl。DNA无降解。3、Shotgun测序法的DNA样品总量大于20μg，浓度大于100ng/μl。DNA无降解。4、用RT-PCR和PCR测序法在提供参考序列时需同时提交样品部分序列与参考序列的比对文件，确保同源性在95%以上。

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