由于现有的商业化数字PCR设备在物理上只设置了2个检测通道，所以存在一个明显的短板：不能同时进行多个位点的检测。在样品多位点的检测中，就需要更多的起始样品，但临床上组织的样品非常有限。相比之下荧光定量PCR仪上就很容易实现多重检测。为了考察利用数字PCR实现多重检测的可能性，英国TheInstituteofCancerResearch的研究人员以非小细胞肺相关的KRAS基因为检测对象，在Bio-Rad的数字PCR系统上通过3个三重ddPCR检测体系来实现9个KRAS突变位点的检测。分散方式与数量由数字PCR系统决定，分散体积和结果表达方式需要实验人员在实验过程中优化得到。法国医疗系统认证数字PCR解决方案
naica®六通道微滴芯片数字PCR系统，源于crystal微滴芯片数字PCR技术，自动化微滴生成和扩增，每个样本孔可实现6荧光通道的检测，智能化识别微滴并进行质控，3小时内即可获得至少6个靶标基因的一定程度上拷贝数浓度，融合传统微滴式和芯片式优势，被称为下一代数字PCR技术。只需一步移液操作，将PCR反应液加载于创新型微流控芯片，naica®六通道微滴芯片数字PCR系统即可自动生成单层平铺的2D微滴阵列，随后对每个微滴进行温度均匀一致的PCR扩增后，进行六通道荧光信号采集，计数阴阳性微滴，通过泊松分布计算获得靶标基因一定程度上拷贝数浓度。珠三角全自动数字PCR样品回收在dPCR中，样品被分区，使得样品内单个的核酸分子被定位并被集中在许多分离的区域内。
在PCR进行的过程中，首先是引物和探针分别结合，然后开始扩增。如果一个微滴当中有目标基因的片段，Taqman探针就会被酶切碎，荧光基团和淬灭基团分离。在后面的检测过程中，荧光基团被激发光路激发之后就会发荧光。如果没有，Taqman探针就不会被切碎，在后面的检测过程中，荧光基团吸收到激发光的能量，就会被淬灭基团给淬灭，那么仪器就检测不到这个微滴的信号。检测的过程中，并不是说一个样本中检测到了几个亮点，这个反应当中就有几个目标基因的拷贝。因为目标基因的片段，在微滴当中的分布，是符合泊松分布的（也就是说进不进的概率相等，并且相互独立）。所以，一个发光的微滴中，可能有一个或者三个四个，甚至更多个目标基因的拷贝。因此，发光的微滴数与原始的基因拷贝数并不是一对一的对应关系。
数字PCR产品的发展，为不同场景下的多样化核酸检测需求提供了新的思路，尤其是在医学检验方面，在 性疾病早期检测、病症的液体活检、无创产前检查等领域展现出良好的应用前景。实现 性疾病早期高效检测——以病毒为例，有病毒检测、和临床样本病毒载量评估He监测环境病毒载量；二代荧光定量PCR检测技术是目前病毒检测的"金标准"，但由于病毒探针结合位点突变、样本病毒载量不足等原因，在临床检测过程中经常出现假阴性结果，由于数字PCR具有更高的灵敏度、精细度，以及其适合痕量样本检测的特性，能够检测出荧光定量PCR检测过程中错过的 ，可作为后者的补充。在人群筛查及临床诊疗中，为科学选取采样方式，需要评估不同临床样本病毒载量，如鼻咽拭子、血尿、粪便、肺泡灌洗液等，由于数字PCR可提供一定程度上量化指标，为采样方法的选取提供了参考，从而提高检出率。在外防输入的战略要求下，环境病毒检测工作尤为重要，数字PCR可对低核酸丰度样本进行有效检测，包括从不同环境中取样的样本，如病房、医院卫生间、实验室等等，在病情防控中起到了不可忽视的作用。此外，数字PCR的应用场景还有病程不同阶段的病毒载量评估、核酸参考品制备、抗病毒药物研发等环节。20世纪末，Bert Vogelstein等提出数字PCR的概念。
常规PCR和实时荧光PCR定量检测都需要已知拷贝数的标准DNA制定标准曲线，由于样品测定在各种条件上不会完全一致，会造成PCR扩增效率的差异，从而影响定量结果的准确性。而ddPCR不受标准曲线和扩增动力学影响，可以进行定量。如何在双通道设置及双探针标记的情况下实现多重检测?不同位点的双探针检测体系中引物和探针采用不同的终浓度，这样阳性微滴的终点FAM/HEX荧光信号强度就会不同，利用阳性微滴不同的“分簇(cluster)”来区分不同的突变位点。采用对应的KRAS野生型和突变型细胞系对双重ddPCR检测体系的性能进行验证。结果显示除了Q61H位点外，其他位点的检测体系在54C的情况下均能很好的区分4个明显的cluster。在患者术后复发检测中，数字PCR评估出的ctDNA阳性，可以早于影像学数月提前揭示出患者复发。苏州医疗系统认证数字PCR系统
数字PCR技术min检测下限可到2copies/ml，比qPCR灵敏度提升了100倍。法国医疗系统认证数字PCR解决方案
数字PCR系统通过其独特的微流体阵列式芯片板（MAP）技术，提供强大而易于使用的数字PCR体验。这种专有技术可实现对样品进行一致的自动腔室化，可将一份样品腔室化至20,000个微反应室，其变异系数（CV）达到比较好的<1%。与其它数字PCR系统不同，MAP技术不使用乳液或其它基于液滴的方法对反应进行腔室化。而是利用分配通道将试剂递送至微反应室，具有高精密度和一致性。此外，QuantStudioAbsoluteQ系统可分析加载样品的95%以上，确保获得高度准确的数字PCR结果。法国医疗系统认证数字PCR解决方案
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