尽管前传时代的空间技术被迅速弃用，但其思想和方法是当今时代空间转录组学发展的基础。在过去的 5 年中，随着众多新技术的出现和 10x 公司 Visium 技术解决方案的商业化普及，该领域得到了快速的发展。一、实验技术有待改进。我们可以做更多的事情来改善实验技术。例如 组织切片技术的发展、 smFISH 和 ISS 技术的实验技术优化、高效率的计算工具实现真正的 3D 空间转录组或者空间时序转录组等。二，数据库的建立。尽管当前空间转录组的数据在快速地增长，但尚未有对应的数据库来对这些数据进行汇总集成。了解空间转录组样本准备注意事项。辽宁欧易生物空间转录组
空间转录组技术包含两种芯片，分别为组织优化芯片（Tissue Optimization）和基因表达芯片（Library Preparation）。组织优化芯片用来摸索组织透化的比较好时间，基因表达芯片用来进行正式样本的空间转录组实验。其中基因表达芯片上有 4 个捕获区域，每个区域大小为 6.5mm×6.5mm，每个捕获区域中有 5000 个带有特异地址序列的探针簇，称为 barcoded spots，每个 spot 直径为 55um，包含数百万个用于捕获的 oligo 探针序列，相邻两个 spot 的中心距离为 100um。探针序列的结构为：测序引物结合序列，16nt 的位置序列，12nt 的 UMI 序列以及 30nt 的 oligo-dT 序列。广东空间转录组领域如何通过“HE染色”判断空间转录组项目样本是否为“好的样本”呢？
转录本的空间位置信息可以通过在原位阵列上捕获的组织切片中的转录本来获取，目前已有多种技术策略被开发报道， 如空间转录组技术（Spatial Transcriptomics，ST）和 Visium 技术，通过将包含空间位置信息的条形码、UMI 标签、poly-dT 的探针固定在商用微阵列载玻片上，来捕获包含 poly(A) 尾巴的转录本，并获取全转录组水平的基因表达及位置信息。一些无需成像即可计算重建空间基因表达模式所需信息的技术也被开发了出来，其中之一就是是 DNA 显微技术，它记录 cDNA 之间的接近度，该信息可用于重建转录本之间的相对位置。
美国脑计划启动的 BICCN 项目，该项目将整合不同类型细胞的分子、解剖学和生理学特性，创建小鼠脑细胞 3D 参考图谱，同时也将基于人类和非人类灵长类脑组织样本，绘制脑细胞参考图谱 ，其涉及空间转录组学技术主要包括 MERFISH 和 seqFISH。一些实现空间转录组学的重要技术，可以追溯到二十世纪七十年代，长期以来，各种形式的原位杂交技术（ISH）已用于可视化空间中的基因表达。从技术原理中不难看出，空间转录组技术重要为特殊的载玻片。空间转录组的组学板块包括cDNA的合成、扩增、接头连接和测序，记录切片的转录本信息和空间位置信息 。
空间转录组是在组织原位检测基因表达的一种技术，与bulk RNA-seq或单细胞转录组测序相比，空间转录组避免了组织中细胞位置信息的丢失，使得我们在检测基因表达的同时获得基因在组织内部的空间位置信息。正是由于空间转录组可以从多维度解析生物学过程的特点，近年来关于空间转录组无论是在技术开发，还是大规模应用或商业化，都得到蓬勃发展。例如2019年4月，Science发文通过空间转录组揭示ALS（肌萎缩侧索硬化症，又称渐冻症）分子病理的时空动态；2019年8月，Nature在线发表了景乃禾团队解析小鼠早期胚胎细胞的时空表达数据；2020年9月，Cell上发表了一篇利用空间转录组解析人鳞状细胞*的文章；2021年1月，Science发表了将组织扩展和原位RNA测序结合起来的新型空间转录组技术ExSeq；2021年4月，10x Genomics公司宣布了新一代FFPE空间转录组商业化解决方案。通过空间转录组技术可获取组织中具体的位置转录信息，为研究和诊断提供有效数据支撑。辽宁欧易生物空间转录组
10x Genomics公司宣布了新一代FFPE空间转录组商业化解决方案。辽宁欧易生物空间转录组
1. 10x Genomics空间转录组用于文库构建的每张载玻片上有四个捕获区域，每个捕获区域的大小为6.5x6.5mm，包含5000个被条形码标记的点（barcoded spots），每个点的直径为55 μm，点和点之间中心的距离为100 μm，并且每个点都有一个barcode序列。10X Visium空间转录组的实验主要分为两部分：组织学板块和组学板块。组织学板块包括样品的包埋、切片、固定、染色及成像，记录切片的形态学信息；组学板块包括cDNA的合成、扩增、接头连接和测序，记录切片的转录本信息和空间位置信息 。辽宁欧易生物空间转录组
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