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广东空间转录组领域

来源: 发布时间:2021年12月04日

10x  Genomics空间转录组用于文库构建的每张载玻片上有四个捕获区域,每个捕获区域的大小为6.5x6.5mm,包含5000个被条形码标记的点(barcoded spots),每个点的直径为55 μm,点和点之间中心的距离为100 μm,并且每个点都有一个barcode序列。组织切片的细胞中会释放出mRNA,迁移到每个spot的mRNA会被标记上相应的barcode序列,然后进行文库构建并进行测序。根据数据的条形码信息对数据进行分析,以确定哪些数据来自哪个位置,从而实现空间基因表达的可视化。欧易生物具有上百例空间转录组项目执行经验,致力通过高效的服务,助力各位科研工作者取得新的突破。空间转录组组织学板块包括样品的包埋、切片、固定、染色及成像,记录切片的形态学信息。广东空间转录组领域

空间转录组数据分析的是根据每个芯片上每个 spot 的基因表达信息进行聚类,然后将 spot 根据坐标位置序列放回到组织的图像上,同时可以对每个 gene 在组织上表达的空间位置进行定位。获得测序数据后,首先利用 Space Ranger  软件可以自动化的对图像进行处理、数据比对和 Barcode 处理。另外一个软件 Loupe Cell Browser 是一个适用于 Windows 和 MacOS 的桌面应用程序,它可以快速、轻松地可视化和分析10X Visium 数据。欧易生物具有上百例空间转录组项目执行经验,致力通过质量的服务,助力各位科研工作者取得新的突破。江西欧易生物空间转录组质量Cell上发表了一篇利用空间转录组解析人鳞状细胞*的文章。

1. 10x  Genomics空间转录组用于文库构建的每张载玻片上有四个捕获区域,每个捕获区域的大小为6.5x6.5mm,包含5000个被条形码标记的点(barcoded spots),每个点的直径为55 μm,点和点之间中心的距离为100 μm,并且每个点都有一个barcode序列。10X Visium空间转录组的实验主要分为两部分:组织学板块和组学板块。组织学板块包括样品的包埋、切片、固定、染色及成像,记录切片的形态学信息;组学板块包括cDNA的合成、扩增、接头连接和测序,记录切片的转录本信息和空间位置信息 。

和单细胞转录组一样,空间转录组也可以进行细胞间通讯分析,区别在于空间位置信息可以同时用于识别潜在的细胞间相互作用。通常通过了解配体受体(LR)对并测试 LR 对是否更有可能在邻近细胞或 spot 中表达来完成。还有很多其他类型的分析可用于空间转录组学数据,包括基因模式的识别,空间区域的转录组定义, 基因间的相互作用推断,转录本的亚细胞定位以及基于H&E图像的基因表达估算等。1. 欧易生物具有上百例空间转录组项目执行经验,致力通过质量的服务,助力各位科研工作者取得新的突破。通过培训系统掌握空间转录组测序原理和方案设计思路,助力科学研究。

尽管前传时代的空间技术被迅速弃用,但其思想和方法是当今时代空间转录组学发展的基础。在过去的 5 年中,随着众多新技术的出现和 10x 公司 Visium 技术解决方案的商业化普及,该领域得到了快速的发展。一、实验技术有待改进。我们可以做更多的事情来改善实验技术。例如 组织切片技术的发展、 smFISH 和 ISS 技术的实验技术优化、高效率的计算工具实现真正的 3D 空间转录组或者空间时序转录组等。二,数据库的建立。尽管当前空间转录组的数据在快速地增长,但尚未有对应的数据库来对这些数据进行汇总集成。在未来的5-10年里,空间转录组学妥妥的是技术热点。辽宁欧易生物空间转录组

空间转录组技术重点为特殊的载玻片。广东空间转录组领域

空间转录组是在组织原位检测基因表达的一种技术,与bulk RNA-seq或单细胞转录组测序相比,空间转录组避免了组织中细胞位置信息的丢失,使得我们在检测基因表达的同时获得基因在组织内部的空间位置信息。已发表的关于空间转录组技术有Slide-seq , LCM-seq , seqFISH, MERFISH , Liver single cell zonation , Geo-seq and Tomo-seq。这些方法或是在细胞数量上限制较大,或是存在有效测序深度不足等问题。正是由于空间转录组可以从多维度解析生物学过程的特点,近年来关于空间转录组无论是在技术开发,还是大规模应用或商业化,都得到蓬勃发展。


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