分离系统由色谱柱组成，它是色谱仪的**部件，其作用是分离样品。色谱柱主要有两类：填充柱和毛细管柱。
1 毛细管柱
毛细管柱又叫空心柱，分为涂壁、多孔层和涂载体空心柱。涂壁空心柱是将固定液均匀地涂在内径0.05～0.5mm的毛细管内壁而成，毛细管材料可以是不锈钢，玻璃或石英。毛细管色谱柱渗透性好，传质阻力小，而柱子可以做到长几十米。与填充往相比，其分离效率高（理论塔板数可达106）、分析速度块、样品用量小，但柱容量低、要求检测器的灵敏度高，并且制备较难。
2 填充柱
填充柱由不锈钢或玻璃材料制成，内装固定相，一般内径为1～10mm，长0.5～10m。填充柱的形状有U型和螺旋型二种。
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气相色谱分析仪中的恒温器工作原理：恒温自动进样器装有冷却/加热模块，采用帕尔贴元件有效的冷却空气。打开时，根据温度来设定加热/冷却帕尔贴元件的正面。风扇从样品盘区域吸入空气，将它经过加热/冷却模块的通道。风扇速度由环境条件决定（例如环境湿度，温度）。在加热/冷却模块中，空气达到帕尔贴元件的温度，然后这些横温控器被吹到特殊样品盘下，在那里均匀分布，并流回样品盘区域。空气再从那里进入恒温器中。这种循环模式确保对样品瓶进行高效冷却/加热。在冷却模式中，帕尔贴元件的另一面会变得很热，为了维持远见性能必须加以冷却，这是通过恒温器背面的大换热器实现的。四个风扇将空气从左到右吹火一起，排出加热过的空气。风扇速度决定帕尔贴元件的温度控制。在冷却期间，加热/冷却模块中会出现冷凝水。冷凝水会被到处恒温器。吉林FID色谱仪监测系统国产气相色谱分析系统介绍。
无论采用什么色谱分析方法，毛细管柱容量和载气流量与填充柱相比都较低，虽然根据毛细管柱分析特点，设计了多种进样系统，改进了进样技术，但进样引起的定量误差总体来说比填充柱进样大。
因此，毛细管柱进样系统的选择比填充柱考虑的因素多。从理论上讲某一个样品可能有多种进样系统可供选择，但实际上在性价比、操作简便性和维修保养要求等方面可能存在很大不同。
选择进样系统时，应首先列出不同进样系统的优缺点，经比较后再终确定。
借以类比气相色谱仪，我们将气相色谱仪分为以下个部分：气源和气路控制系统，进样系统、分离系统、检测器系统和数据处理系统五大部分。气源相当于山上河流的源头，为仪器提供气体；气路控制系统相当于水闸，控制气体流量的大小；进样系统（进样口）则相当于把石块放入河流的动作和行为；分离系统则相当于河流，在气相色谱中主要指色谱柱，是将样品分开的场所和工具；检测系统（检测器）和数据处理系统则是用于检测样品成分和记录数据。气相色谱分析系统的色谱工作站可以实时观看数据变化。
(1) 固定相
气相毛细管柱的材质为玻璃或石英，内壁或载体经涂渍或交联固定液，内径一般为0.25mm、0.32mm或0.53mm，柱长5~60m，固定液膜厚0.1~μm，常用的固定液右甲基聚硅氧烷、不同比例组成的苯基甲基聚硅氧烷、聚乙二醇等。
色谱理论上讲，选择固定相首先遵循相似性原则(相似相容原理)，即用非极性固定相分析非极性物质，极性固定相分析极性物质，用含芳香基团的固定相分析芳香族化合物。但是使用毛细管柱，分离度不再是分析的优先问题了，样品的兼容性、使用温度稳定性、柱流失情况等，都能成为选择色谱柱的主要理由。 气相色谱分析仪操作步骤。江苏医药色谱仪参数
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