发酵过程要在没有杂菌污染的条件下进行。微生物无菌培养直接关系到生产过程的成败。无菌问题解决不好,轻则导致所需要产品数量的减少、质量下降以及后处理困难;重则会使全部培养液变质，导致成吨的培养基报废，造成经济上的严重损失，这一点对大规模的生产过程更为突出。为了保证培养过程的正常进行，防止染菌的发生，对大部分微生物的培养，包括实验室操作和工业生产，均需要进行严格的灭菌。发酵过程的灭菌范围包括:培养基、发酵设备和发酵过程提供的空气。微生物发酵过程根据发酵条件要求分为好氧发酵和厌氧发酵。黑龙江绿色发酵
发酵过程自动监测、控制技术：某种意义上说,发酵过程的成败完全取决于能否维持一个生长受控的和对生产良好的环境。达到此目的较为有效的方法是通过直接测量各种参数变化和对生物过程进行调节。将数学、化工原理、电子计算机技术和自动控制装置等应用到发酵过程，进行生物技术参数的测量、生物过程的建模和控制，可对工业发酵过程进行高效的控制管理并提高生产效率。
灭菌的目的就是杀死一切微生物。在工业微生物培养过程中，只允许生产菌存在和生长繁殖，不允许其他微生物共存，因此所有发酵过程必须进行纯种培养。 贵州天然发酵技术细菌发酵物不但可以制备出新的功效物质，还能作为天然防腐剂应用于化妆品中。
发酵已经从过去简单的生产酒精类饮料、生产醋酸和发酵面包发展到现在成为生物工程的一个极其重要的分支，成为一个包括了微生物学、化学工程、基因工程、细胞工程、机械工程和计算机软硬件工程的一个多学科工程。从广义上讲，发酵工程由三部分组成：上游工程，发酵工程和下游工程。其中，下游工程指从发酵液中分离和纯化产品的技术：包括固液分离技术（离心分离，过滤分离，沉淀分离等工艺），细胞破壁技术（超声、高压剪切、渗透压、表面活性剂和溶壁酶等），蛋白质纯化技术（沉淀法、色谱分离法和超滤法等），还有产品的包装处理技术（真空干燥和冰冻干事燥等）。
厌氧发酵是废物在厌氧条件下通过微生物的代谢活动而被稳定化，同时伴有甲烷和CO2产生。
厌氧发酵的优缺点
优点：
厌氧工艺多半是能量的净生产者，需要的能量很少；
产生的污泥很少；
需要的营养物质少；
会产生甲烷，这是一种能源，能带来收益；
容积负荷较高，需要的反应器容积小。
缺点：
启动时间太长；
可能需要补充特定的离子碱度；
为满足排放的需要，后面通常需要再用好氧工艺进行下一步的处理；
厌氧不具有除氮和除磷的作用，有时候氮、磷含量还会有所增加；
厌氧处理对温度和有毒物质等外界因素更敏感。 大孔吸附树脂高度交联、具有三维网状结构的高分子聚合物不溶于任何溶剂，在常温下十分稳定。
酿酒酵母菌含丰富的蛋白质、维生素、矿物质、多糖和许多生物活性物质，有许多完整的酶系，并含有2.5%-10%的核糖核酸（ribosenucleicacid，RNA）。酿酒酵母细胞壁含有丰富的β-1，3-葡聚糖和甘露寡糖（mannanoligosaccharide，MOS），其含量可达到细胞壁干质量的95%左右；酵母细胞原生质中含丰富的小肽；酿酒酵母中含超氧化物歧化酶（superoxidedismutase，SOD）。
酿酒酵母作为单细胞真核生物的主要，发酵工艺成熟，生物安全性高，主要用于燃料乙醇、白酒、葡萄酒、啤酒等的酿造生产中。酿酒酵母活菌、非活性成分及细胞组成成分也已广泛应用于畜牧养殖业和饲料工业。 大孔吸附树脂分离技术是新发展起来的一项分离新技术，大孔吸附树脂是一类有机高聚物吸附剂。广西国产发酵工程
对于发酵控制来说，基质是生产菌代谢的物质基础，既涉及菌体的生长繁殖，又涉及代谢产物的形成。黑龙江绿色发酵
发酵作用
生理学上（狭义）：指微生物厌氧或兼性厌氧微生物在厌氧的条件下以某些有机化合物作为末端氢（电子）受体，氧化降解有机物获得能量的过程。工业上（广义）：泛指利用微生物生产各种产物的过程，即在人工控制的条件下，微生物通过本身新陈代谢活动，将不同的物质进行分解、转化或合成，生成人们所需要的酶、菌体或各种代谢产物的生产工艺过程。微生物发酵作用的两个共同点：NADH被氧化成NAD+；电子受体通常是丙某酮酸或它的衍生物。在发酵过程中，底物被部分地氧化，ATP通过底物磷酸化的方式被合成，而且不需要氧。 黑龙江绿色发酵
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