连续发酵是指以一定的速度一边将新鲜的培养基添加到发酵罐内，一边将含有产物的培养液放出的发酵方式连续发酵不盂要像分批发酵那样多次对发酵罐进行灭菌、清洗，能够缩短发酵周期，提高生产效率。目前，连续发酵已用来大规模生产乙醇、单细胞蛋白、食用酵母等，但连续发酵的工艺涉及变量较多、较难控制，因此连续发酵尚不如分批发酵应用较广。
在实际生产中，常常多种方式相结合来进行发酵生产。选择的依据包括菌种、产物和原料的特点、技术可行性、设备状况等。现代大规模发酵多数是好氧、液体、深层、分批、游离、单一纯种发酵结合进行。 混合发酵得到的的发酵提取液，抗老功效明显，具备抗紫外损伤和净化修护、抗氧化、抗皱的功效。中国台湾进口发酵费用
大量事实表明：一般多菌种混合发酵饲料效果远远好于单一菌种的发酵。单一菌种发酵的特点：乳酸菌，厌氧菌，发酵碳水化合物时产生大量乳酸，对G+G-菌都有很强的抑菌效果；芽孢杆菌，产生芽孢的好氧菌，耐受高温、高压和酸碱。生命力强，代谢可产生蛋白酶和B族维生素等，对饲料的降解消化吸收和动物的营养代谢起到促进作用；酵母菌，菌体中含有非常丰富的蛋白质、B族维生素、脂肪、糖、酶等多种营养成分，可提高动物的生产性能，减少应激。多菌种混合发酵的优势：利用菌种之间的协调互作关系，扩大对原料的适应性和防杂菌能力。一般的组合乳酸菌+芽孢杆菌；乳酸菌+芽孢杆菌+酵母菌；酵母菌+米曲霉菌等。江苏绿色发酵推荐发酵：利用生物细胞（含动植物、微生物），在合适条件下经特定的代谢途径转变成所需产物菌体的过程。
在制药领域，通过微生物发酵生产的药物有氨基酸、核酸、酶及部分多肽等。根据不同的发酵菌种，可将微生物发酵制药分为好氧发酵、厌氧发酵和兼性厌氧发酵三类。根据使用的不同发酵工具，微生物发酵又可分为密闭发酵、敞口发酵、浅盘发酵及深层发酵等。其中深层发酵的技术门槛较高，需要专业的培养液，富含利于细菌发酵所需的营养物质和原料。深层发酵的优点是便于实现机械化操作及大规模发酵生产，青霉素的生产就曾借助于深层发酵技术。此外，合适的培养基也是取得良好转化产物的必要条件。人工培养基包括固体培养基、液体培养基、半固体培养基、脱水培养基这四种。
发酵作用
生理学上（狭义）：指微生物厌氧或兼性厌氧微生物在厌氧的条件下以某些有机化合物作为末端氢（电子）受体，氧化降解有机物获得能量的过程。工业上（广义）：泛指利用微生物生产各种产物的过程，即在人工控制的条件下，微生物通过本身新陈代谢活动，将不同的物质进行分解、转化或合成，生成人们所需要的酶、菌体或各种代谢产物的生产工艺过程。微生物发酵作用的两个共同点：NADH被氧化成NAD+；电子受体通常是丙某酮酸或它的衍生物。在发酵过程中，底物被部分地氧化，ATP通过底物磷酸化的方式被合成，而且不需要氧。 目前，相当有潜力的海洋生物之一公认是海洋菌（发酵产物），是当前化妆品研发的重要生物来源。
厌氧发酵是废物在厌氧条件下通过微生物的代谢活动而被稳定化，同时伴有甲烷和CO2产生。
厌氧发酵的优缺点
优点：
厌氧工艺多半是能量的净生产者，需要的能量很少；
产生的污泥很少；
需要的营养物质少；
会产生甲烷，这是一种能源，能带来收益；
容积负荷较高，需要的反应器容积小。
缺点：
启动时间太长；
可能需要补充特定的离子碱度；
为满足排放的需要，后面通常需要再用好氧工艺进行下一步的处理；
厌氧不具有除氮和除磷的作用，有时候氮、磷含量还会有所增加；
厌氧处理对温度和有毒物质等外界因素更敏感。 细菌发酵物不但可以制备出新的功效物质，还能作为天然防腐剂应用于化妆品中。广西微生物发酵工程
氨基酸等初级代谢产物的产率与菌体浓度成正比。中国台湾进口发酵费用
发酵后，面粉里一种影响钙、镁、铁等元素吸收的植酸可被分解，从而提高人体对这些营养物质的吸收和利用。
适宜消化功能弱的人食用经过发酵的面包、馒头有利于消化吸收，这是因为酵母中的酶能促进营养物质的分解。因此，身体瘦弱的人、儿童和老年人等消化功能较弱的人，更适合吃这类食物。
在发酵食品中，维生素B12较为丰富，发酵食品中维生素B12较为丰富，维生素B12可以预防老年痴呆症。
有研究发现，发酵食物在发酵过程中不仅加速了益生菌的生长和代谢，还会增加原本不存在或含量较少的新营养物质。 中国台湾进口发酵费用
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