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安徽蛋白组学测序和转录组测序

来源: 发布时间:2022年08月24日

作者通过泛素化蛋白组学分析鉴定了茶树作根中的泛素化蛋白质。中文标题:氮调节茶树根中茶氨酸和黄酮类化合物的生物合成:多组学分析揭示的蛋白质水平调节研究对象:茶树根发表期刊:JournalofAgriculturalandFoodChemistry影响因子:5.279发表时间:2021年9月1日发表单位:安徽农业大学运用生物技术:TMT蛋白质组学、泛素化蛋白质组学(其中部分数据分析由鹿明生物提供技术支持)。本文分析了氮缺乏下茶树根部的茶氨酸和黄酮类代谢,通过蛋白质组和泛素化蛋白质组结合转录组数据探索了调节机制。本文的多组学数据整合分析思路值得借鉴。走近蛋白组学之蛋白组学常见问题答疑解惑。安徽蛋白组学测序和转录组测序

iTRAQ标记蛋白组学研究方法:2021年12月欧易/鹿明生物合作客户甘肃农业大学孙万仓教授课题组在Scientific Reports期刊发表的题为 “iTRAQ-Based Quantitative Proteome Analysis Insights into Cold Stress of Winter Turnip Rapa (Brassica rapa L.) Grown in the Field ”的研究成果,通过iTRAQ标记蛋白组学+转录组学研究方法,探究了茎尖分生组织的形态对冬油菜低温耐受性中的作用。中文标题:iTRAQ标记蛋白质组学分析揭示了低温胁迫对田间生长冬油菜的影响研究对象:白菜型冬油菜发表期刊:ScientificReports影响因子:4.17吉林口腔蛋白组学蛋白质组学,蛋白质组分析,专业的多组学联合分析。

作者进行了综合分析,将蛋白组学和代谢组学中的***生物标志物合并到通路分析中,并确定了半乳糖代谢、戊糖和葡萄糖醛酸盐相互转化、柠檬酸盐循环和**酸代谢这几种途径。然后结合蛋白质和代谢标志物来预测DKD状态。五种机器学习模型表明,组合模型提高了DKD预测的准确性和稳定性。图中展示了RF的结果。总的来说,组合多组学标志物模型是一种强有力的提高DKD诊断的方法。1.蛋白组学结果表明,α2-巨球蛋白、组织蛋白酶D和CD324可作为检测DKD进展的潜在生物标志物。2.代谢组学结果表明,半乳糖代谢和甘油脂代谢是DKD的主要代谢途径,此外甘油-3-半乳糖苷可作为预测DKD的**标志物。3.蛋白组学和代谢组学的组合可以提高预测和诊断DKD的准确性和稳定性。血清综合组学的生物标志物可用于DKD的预警和诊断。该研究为优化DKD的管理提供了数据资源。

作者通过iTRAQ蛋白质组学技术鉴定敲低NMT1后发生变化的蛋白质。结果鉴定到三种上调蛋白(LXN,RPL29andFAU)和六种下调蛋白(NMT1,MTPN,AHSG,ALB,GON7andTF)(图2A)。作者将这些蛋白质分别命名为N-豆蔻酰化下调蛋白(NDP)和上调蛋白(NUP)。有趣的是,敲低NMT1会减少NDP和NUP的N-豆蔻酰化,而过表达NMT1会诱导NDP和NUP的N-豆蔻酰化(图2B)。在小鼠模型中,敲除NMT1会导致NDP和NUP的去N-豆蔻酰化,这可以通过在肝脏中表达外源性NMT1来部分逆转(图2C)。这些发现表明,尽管NMT1对NDP和NUP的表达起着相反的作用,但NMT1同时刺激NDP和NUP的N-豆蔻酰化。蛋白质组学测序 蛋白组学技术缺点。

4D蛋白组学:tims TOF Pro2依赖于双捕集离子淌度(TIMS)和同步累积连续碎裂(PASEF)数据采集模式两大创新技术,可实现快速采集、更高的灵敏度和特异性。同时,其配备了***一代双 TIMS 分析器,离子容量可提高三倍,比较大限度地提高了离子传输效率和灵敏度,让蛋白质组学分析再上一个新的台阶,鹿明生物同时配备了Evosep One高通量色谱使其在短梯度下也能实现蛋白深度覆盖,结果更精细,也成为转化组学应用不可或缺的工具。更高扫描速度:助力临床大队列项目研究,更高覆盖深度:助力蛋白组鉴定到更多的蛋白数量,超高灵敏度:助力微量样本蛋白组分析,鉴定更可信:助力蛋白或化合物更高可信度的鉴定。蛋白质组学,修饰蛋白质组,蛋白·修饰·代谢。江苏非靶向蛋白组学

单细胞蛋白组学之质谱流式细胞技术。安徽蛋白组学测序和转录组测序

转录组学和蛋白质组学分析作者通过转录组学和蛋白质组学分析暴露于DON的C2C12细胞的差异基因(DEG)。转录组学鉴定了2387个DEG,其中72%被下调。蛋白质组学鉴定出402个DEG,其中74%被下调。GO和KEGG通路富集分析表明,转录组学DEGs参与了“男性主要性征的发育”、“骨骼肌肌球蛋白粗丝组装”和“骨骼肌收缩的调节”等生物学过程。**富集的通路是“ECM-受体相互作用”、“人**瘤病毒***”和“蛋白质消化吸收”。蛋白质组学分析中,富集到了“肌肉收缩”、“中间丝解聚”和“脂质转运”等生物学过程。细胞成分中富集到“细胞骨架”、“细胞外基质”和“整合素”。KEGG通路富集到“新霉素、卡那霉素和庆大霉素生物合成”、“系统性红斑狼疮”、“ECM-受体相互作用”和“蛋白质消化和吸收”。前两条通路与上调的DEG相关,而后两条通路与下调的DEG相关,这与转录组学结果一致。安徽蛋白组学测序和转录组测序

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