通过磷酸化蛋白质组定量鉴定了1244个磷酸化蛋白质，其中474个（38%）在**组织中***增加，183个（15%）***下降。三种蛋白亚型中磷酸化蛋白组学的比较结果揭示了亚型特异性的活性激酶。进一步对差异改变的磷酸化位点的研究显示，在S-I中观察到参与黏附的底物升高和参与RNA转运的底物减少。而基于timsTOF Pro离子淌度4D蛋白质组技术，是对蛋白组学+磷酸化组学的双重升级，可实现快速采集、更高的灵敏度和特异性，**临床蛋白质组学在定性数量更多、定量更准确、位点鉴定更精确、样本需求量更低、检测周期更短等性能上***提升，从蛋白质表达和修饰双重角度更好地发挥发掘分子调控机制、发现疾病分子分型以及发掘生物标志物等多重作用。蛋白组学研究必看的经典综述。山东蛋白组学实验室
4D蛋白组学：tims TOF Pro2依赖于双捕集离子淌度（TIMS）和同步累积连续碎裂（PASEF）数据采集模式两大创新技术，可实现快速采集、更高的灵敏度和特异性。同时，其配备了***一代双 TIMS 分析器，离子容量可提高三倍，比较大限度地提高了离子传输效率和灵敏度，让蛋白质组学分析再上一个新的台阶，鹿明生物同时配备了Evosep One高通量色谱使其在短梯度下也能实现蛋白深度覆盖，结果更精细，也成为转化组学应用不可或缺的工具。更高扫描速度：助力临床大队列项目研究，更高覆盖深度：助力蛋白组鉴定到更多的蛋白数量，超高灵敏度：助力微量样本蛋白组分析，鉴定更可信：助力蛋白或化合物更高可信度的鉴定。山东蛋白组学实验室一站式服务,蛋白组学研究不同生物体在不同时刻/状态下蛋白质表达的变化。
蛋白质组学、磷酸化蛋白质组学研究案例：2021年12月30日复旦大学附属中山医院樊嘉院士、中国科学院上海药物研究所周虎研究员、中国科学院分子细胞科学***创新中心高大明研究员、复旦大学附属中山医院**教授课题组合作在Cancer Cell上发表题为“Proteogenomic characterization identifies clinically relevant subgroups of intrahepatic cholangiocarcinoma”的研究论文，通过基因组学、转录组学、蛋白质组学、磷酸化蛋白质组学、微生物组学研究方法对262例肝内胆管*（iCCA）患者的配对**和*旁组织进行了分析，通过绘制肝内胆管*的多维分子图谱为进一步鉴定iCCA的分子发病机制、分子分型、预后等提供了宝贵的资源。
蛋白组学研究实用案例：东南大学医学院院长刘必成教授领导的肾脏病研究所在Science advances期刊发表了题为“Extracellular vesicle–encapsulated IL-10 as novel nanotherapeutics against ischemic AKI"的研究成果，通过蛋白组学+多层组学研究方法，建立IL-10细胞囊泡高表达模型的构建，提出并验证了IL-10细胞外囊泡的靶向缺血性肾损伤的假说，探究了IL-10细胞外囊泡作为新型纳米药物的机理。中文标题：细胞外囊泡包裹的IL-10作为抗缺血性急性肾损伤的新型纳米疗法研究方向：新药研发及其机制研究发表期刊：Scienceadvances影响因子：14.136发表单位：中国南京东南大学附属中大医院肾内科运用生物技术：LC-MS/MS蛋白组学（由鹿明生物提供技术支持）蛋白组学研究组织,血液,植物,尿液,动物,细胞样品,酵母,微生物.。
为了验证iTRAQ标记蛋白组学分析测定的蛋白积累变化，选择两种蛋白进行westernblot分析。如图4A所示，iTRAQ分析中两种蛋白(RPD3和VMA3)的积累每次均与westernblot数据一致。RPD3、TOR1、VMA3和VAC8在基因水平上的相对表达量与蛋白水平相似，在BF的菌丝中也表达上调(图4B-D)。VAC8在2－1、3－1、4－1组的基因水平上高度上调。这些结果表明，这些上调的表达蛋白可能是香菇BF形成的重要蛋白。本研究利用标记定量(iTRAQ)蛋白质组学、基于气相色谱-质谱的代谢组学GC-MS非靶向代谢组学和透射电镜分析细胞结构，研究了香菇菌丝后熟转色形成的机制，并且***证明氧化应激和自噬过程是至关重要，为后续进一步的研究提供了新的见解。走近蛋白组学之蛋白组学常见问题答疑解惑。浙江蛋白组学多少钱一个样
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蛋白质组定量到了10,529种蛋白质，磷酸化蛋白质组定量到了来自9,832个磷酸化蛋白的62,879个磷酸化位点。基因组确定了包括TP53、KRAS、FGFR2、IDH1/2、BAP1、ARID1A和PBRM1在内的16个***改变的**驱动基因（图1A）。与西方iCCA人群队列相比，本文队列显示出更高的KRAS突变频率和更低的IDH1、ARID1A和TERT突变频率（图1B）。在FU-iCCA队列中观察到黄曲霉***和马兜铃酸特征（图1C）。通过比较具有或不具有黄曲霉***特征的所有**的多组学数据，发现具有黄曲霉***特征的**显示出DNA修复和细胞周期通路的上调以及细胞凋亡、***炎症和免疫通路的下调（图1E）。进一步分析显示，TP53突变与黄曲霉***特征***相关（图1F和1G）。山东蛋白组学实验室
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