空间转录组是在组织原位检测基因表达的一种技术，与bulk RNA-seq或单细胞转录组测序相比，空间转录组避免了组织中细胞位置信息的丢失，使得我们在检测基因表达的同时获得基因在组织内部的空间位置信息。已发表的关于空间转录组技术有Slide-seq , LCM-seq , seqFISH, MERFISH , Liver single cell zonation , Geo-seq and Tomo-seq。这些方法或是在细胞数量上限制较大，或是存在有效测序深度不足等问题。正是由于空间转录组可以从多维度解析生物学过程的特点，近年来关于空间转录组无论是在技术开发，还是大规模应用或商业化，都得到蓬勃发展。
结合空间转录组测序技术，作者进一步确定和丰富了胚胎心脏基因表达的空间注释信息。实力空间转录组
10x Genomics 公司提供的 Visium 空间基因表达解决方案是目前***一个高通量空间转录组的商业化解决方案。该解决方案巧妙的将单细胞测序技术原理和组织切片染色结合在一起，从而研究空间分辨率下整个转录组 mRNA 的表达情况，同时在同一组织切片中获得组织学相关信息。空间转录组相关的显微解剖技术通常分为两类：机械和光学。前者包括 Tomo-seq 等，通过沿感兴趣轴，利用冷冻切片机进行组织切片，然后在每个切片上均进行 RNA 测序。10x 提供的载玻片分为两种：用于摸索组织比较好透化时间的组织优化玻片和用于正式实验的基因表达玻片。河北空间转录组规格研究通过对 ALS 小鼠疾病进程（症状前、发病、症状期和终末期）的脊髓组织进行空间转录组测序。
空间转录组研究的的必要性。研究单细胞我们想要探究细胞间的异质性，但是常规的单细胞是将细胞解离成单细胞悬液，然后利用单细胞分离技术（微孔，微板，液滴）等方法实现单细胞建库，这里比较大的问题是是细胞失去了原本在组织的空间信息。然而这个空间信息在实际研究中有很重要。特别是在研究细胞命运机制及细胞谱系发生空间位置的信息显得尤为重要，因此发展空间转录组技术实现细胞的位置信息的保留，对研究此类细胞状态尤为必要。
1. 10x Genomics公司提供的Visium空间基因表达解决方案是目前可选的一个高通量空间转录组的商业化解决方案。该解决方案可以轻松地将空间转录组学技术应用到组织切片和染色的标准方法中，从而研究空间分辨率下整个转录组mRNA的表达情况，同时在同一组织切片中获得组织学相关信息。空间转录组是一项前沿技术，涉及到很多细节方面的准备工作，例如组织类型的选择、前期预实验的设计、病理区域的确认等一系列内容。而且实验中存在很多不确定性因素，处理不慎容易导致整个项目失败。细胞通讯是单细胞研究中一个模拟与理解复杂组织生态系统动力学的适用方法。
1. 空间转录组实验步骤A。切片制备和优化：取新鲜组织、冷冻、切片，并进行HE染色成像，优化确定切片是否覆盖靶向区域。空间转录组实验步骤B。切片固定和透化：将组织切片放置在含有与RNA结合捕获探针的载玻片上，并进行固定和透化，使细胞中的 mRNA 得到释放，并结合到相应的捕获探针上，从而获取基因表达信息。空间转录组实验步骤c。逆转和文库构建：以捕获的 RNA 为模板，进行 cDNA 合成，和测序文库制备。空间转录组实验步骤d。高通量上机测序：对制备好的测序文库，进行二代高通量短读长测序。空间转录组实验步骤e。数据可视化分析：结合HE结果，确定哪些基因有表达，表达量高低，以及这些基因的空间位置信息。10x Genomics空间转录组技术可以应用于免疫、发育、神经和病理等研究方向。湖南应用空间转录组
只听名字就想尝试，不清楚空间转录组的原理及通过该技术究竟能拿到什么结果。实力空间转录组
转录本的空间位置信息可以通过在原位阵列上捕获的组织切片中的转录本来获取，目前已有多种技术策略被开发报道， 如空间转录组技术（Spatial Transcriptomics，ST）和 Visium 技术，通过将包含空间位置信息的条形码、UMI 标签、poly-dT 的探针固定在商用微阵列载玻片上，来捕获包含 poly(A) 尾巴的转录本，并获取全转录组水平的基因表达及位置信息。一些无需成像即可计算重建空间基因表达模式所需信息的技术也被开发了出来，其中之一就是是 DNA 显微技术，它记录 cDNA 之间的接近度，该信息可用于重建转录本之间的相对位置。实力空间转录组
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