欧易生物空间转录组是什么

空间转录组是在组织原位检测基因表达的一种技术，与bulk RNA-seq或单细胞转录组测序相比，空间转录组避免了组织中细胞位置信息的丢失，使得我们在检测基因表达的同时获得基因在组织内部的空间位置信息。正是由于空间转录组可以从多维度解析生物学过程的特点，近年来关于空间转录组无论是在技术开发，还是大规模应用或商业化，都得到蓬勃发展。例如2019年4月，Science发文通过空间转录组揭示ALS（肌萎缩侧索硬化症，又称渐冻症）分子病理的时空动态；2019年8月，Nature在线发表了景乃禾团队解析小鼠早期胚胎细胞的时空表达数据；2020年9月，Cell上发表了一篇利用空间转录组解析人鳞状细胞*的文章；2021年1月，Science发表了将组织扩展和原位RNA测序结合起来的新型空间转录组技术ExSeq；2021年4月，10x Genomics公司宣布了新一代FFPE空间转录组商业化解决方案。结合空间转录组测序技术，作者进一步确定和丰富了胚胎心脏基因表达的空间注释信息。欧易生物空间转录组是什么

1. 空间转录组实验步骤A。切片制备和优化：取新鲜组织、冷冻、切片，并进行HE染色成像，优化确定切片是否覆盖靶向区域。空间转录组实验步骤B。切片固定和透化：将组织切片放置在含有与RNA结合捕获探针的载玻片上，并进行固定和透化，使细胞中的 mRNA 得到释放，并结合到相应的捕获探针上，从而获取基因表达信息。空间转录组实验步骤c。逆转和文库构建：以捕获的 RNA 为模板，进行 cDNA 合成，和测序文库制备。空间转录组实验步骤d。高通量上机测序：对制备好的测序文库，进行二代高通量短读长测序。空间转录组实验步骤e。数据可视化分析：结合HE结果，确定哪些基因有表达，表达量高低，以及这些基因的空间位置信息。广东生物技术空间转录组分享欧易生物在空间转录组样本处理、实验和数据挖掘上的成功经验，助力各位科研工作者取得新的突破。

空间转录组的一般流程2。这使得在后续步骤中覆盖细胞组织图像和基因表达数据成为可能。用我们的渗透试剂对组织进行渗透，这意味着在细胞膜上形成小孔。RNA分子可以通过这些通道离开细胞，并与芯片上相邻的捕获探针结合。因此，基因表达信息被捕获在芯片上。需要通过以下步骤将捕获的RNA分子中存储的信息转换为数据。cDNA合成是为了创造稳定的双链DNA分子。这是必要的，因为cdna - rna -杂交体的降解速度很快。此外，这是构建可测序文库之前的必要步骤。所有之前收集的信息都被汇集起来，可以在线访问。这意味着在实践中，您可以查看组织切片的图像并选择组织中的不同区域。然后你可以确定哪些基因在这些区域中以什么数量表达。因此，你可以在一个单一的实验中进行新分析。

 空间转录组学(ST)是一种方法，允许在组织样本中可视化和定量分析转录组与空间分辨率。通过在载玻片上排列含有位置条形码的寡核苷酸的组织切片，该方法声称可以生成具有精确位置信息的高质量的RNA-seq cDNA文库。条形码芯片有1007个带有独特条形码序列的引物位点。每个位置都有一个直径100µm(对应于一个组织域)中心到中心的距离是200µm。欧易生物具有上百例空间转录组项目执行经验，在空间转录组样本处理、实验和数据挖掘上的成功经验，致力通过质量的服务，助力各位科研工作者取得新的突破。细胞通讯是单细胞研究中一个模拟与理解复杂组织生态系统动力学的适用方法。

空间转录组技术原理是什么？当组织冷冻切片附在空间转录组载片上时，条形码引物结合并从组织中捕获邻近的mRNA。被捕获的mRNA开始逆转录，得到的cDNA中包含了空间条形码。分析Illumina测序结果中空间条形码的序列，可以将每个mRNA转录的序列映射回组织切片中的起始位置。空间转录组的条形码逆转录oligo(dT)引物在显微镜载玻片表面的有序附着，空间转录组使得在mRNA样品处理和后续测序过程中位置信息的编码和获取成为可能。欧易生物具有上百例空间转录组项目执行经验，致力通过质量的服务，助力各位科研工作者取得新的突破。过真实研究案例聚焦包括单细胞转录组、单细胞基因组、单细胞代谢组、空间转录组。贵州空间转录组规格

空间转录组是在组织原位检测基因表达的一种技术。欧易生物空间转录组是什么

空间转录组数据分析的重要是根据每个芯片上每个spot的基因表达信息进行聚类，然后将spot根据坐标位置序列放回到组织的图像上，同时可以对每个gene在组织上表达的空间位置进行定位。获得测序数据后，首先利用Space Ranger 软件可以自动化的对图像进行处理、数据比对和Barcode处理。另外一个软件Loupe Cell Browser是一个适用于Windows和MacOS的桌面应用程序，它可以快速、轻松地可视化和分析10X Visium数据。欧易生物具有上百例空间转录组项目执行经验，致力通过质量的服务，助力各位科研工作者取得新的突破。欧易生物空间转录组是什么

上海欧易生物医学科技有限公司位于联航路1188号25幢，交通便利，环境优美，是一家服务型企业。公司致力于为客户提供安全、质量有保证的良好产品及服务，是一家私营合伙企业企业。公司拥有专业的技术团队，具有科研服务，科研检测，学术研究，技术咨询等多项业务。欧易生物顺应时代发展和市场需求，通过高端技术，力图保证高规格高质量的科研服务，科研检测，学术研究，技术咨询。