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江西技术空间转录组

来源: 发布时间:2021年11月27日

什么是空间转录组?空间转录组是一种用于从空间层面上解析RNA-seq数据的技术,从而解析单个组织切片中的所有mRNA。空间条形码逆转录oligo(dT)引物在显微镜载玻片表面的有序附着,使得在mRNA样品处理和后续测序过程中位置信息的编码和获取成为可能。单细胞RNA测序或组织样本RNA测序,均无法为研究人员提供精确的空间信息。通过空间转录组技术可获取组织中具体的位置的转录信息,为研究和诊断提供有效数据支撑。欧易生物具有上百例空间转录组项目执行经验,致力通过质量的服务,助力各位科研工作者取得新的突破。空间转录组数据分析软件开发语言统计情况。江西技术空间转录组

欧易生物自引进10x Visium空间转录组以来已经完成了上百例样本测序,在样本包埋、切片、实验和数据分析上积累了大量宝贵的经验。本次培训班旨在跟广大科研工作者介绍空间转录组的研究热点和方案设计,分享欧易生物在样本处理、实验和数据挖掘上的成功经验,助力各位科研工作者取得新的突破。招生对象:A、对空间转录组感兴趣,期望了解空间转录组技术,或近期准备开展空间转录组测序项目B、项目已经开展,需要深入挖掘数据的科研工作者。江西运用空间转录组通过培训系统掌握空间转录组测序原理和方案设计思路,助力科学研究。

和单细胞转录组一样,空间转录组也可以进行细胞间通讯分析,区别在于空间位置信息可以同时用于识别潜在的细胞间相互作用。通常通过了解配体受体(LR)对并测试 LR 对是否更有可能在邻近细胞或 spot 中表达来完成。还有很多其他类型的分析可用于空间转录组学数据,包括基因模式的识别,空间区域的转录组定义, 基因间的相互作用推断,转录本的亚细胞定位以及基于H&E图像的基因表达估算等。1. 欧易生物具有上百例空间转录组项目执行经验,致力通过质量的服务,助力各位科研工作者取得新的突破。

空间基因表达技术能够在保留空间背景信息的同时,多角度测量转录组谱。然而,现有的分析方法并没有解决技术分辨率有限或有效利用空间信息的问题。来自美国的科研团队开发了BayesSpace,这是一种完全贝叶斯统计方法,它使用来自空间邻域的信息来增强空间转录组数据的分辨率并进行聚类分析。基准测试证明BayesSpace在识别具有相似表达谱的空间簇和提高空间转录组学分辨率方面的效用,其既克服了有效利用空间信息进行表达数据聚类的挑战,又克服了目前空间转录组技术分辨率有限的问题。转录本的空间位置信息可以通过在原位阵列上捕获的组织切片中的转录本来获取, 如空间转录组技术。

单细胞转录组测序技术的如火如荼,伴随着空间转录组测序技术的蓬勃发展,可以看到,在现有的高通量检测技术领域,这两种技术已为科学研究的发展提供了前所未有的技术支撑。从2019年单细胞多组学被评为《Nature Methods》年度技术进展,到2020年空间转录组技术也被评为年度技术进展,相信在接下来的时间里,单细胞转录组和空间转录组将为生命科学的发展做出极其重要的贡献。单细胞转录组测序技术的特点在于提供详实的每个细胞的转录表达信息,但是缺失了来源组织的空间组成信息。现有商用空间转录组测序技术的特点在于提供了完整的组织空间位置信息,但是每个捕获spot的信息无法达到单细胞分辨率(10个左右细胞)。因此,这两个技术的存在是天然互补的,而将两者的结合也是水到渠成,完美结合。作者借助空间转录组测序技术探究人类心脏在发育过程中的基因表达特征和细胞图谱变化。黑龙江生物技术空间转录组

对于 EDA 以外的任务,用户仍然经常需要学习新的语法,转换对象类型,空间转录组学仍然面临许多挑战。江西技术空间转录组

Visium空间转录组能够做何种组织类型以及推荐切片厚度是什么?10X Genomics测试过很多组织类型,绝大多数都可以用于空间转录组的分析。下图是他们官网上测试过的组织类型的列表,测试过的组织都可以运用在空间转录组的分析上面。但建议用户用基因表达玻片做正式实验前,务必用组织优化的玻片测试一下,看组织能否用于空间转录组的实验,同时也找到比较好的组织通透时间。切片厚度基本上以10µm为主,但也有少量组织例外。欧易生物具有上百例空间转录组项目执行经验,致力通过质量的服务,助力各位科研工作者取得新的突破。江西技术空间转录组

上海欧易生物医学科技有限公司拥有检验检测服务。(依法须经批准的项目,经相关部门批准后方可开展经营活动,具体经营项目以相关部门批准文件或许可证件为准)一般项目:生物医药产品、生化产品的研发,医药中间体、化工原料及产品(除危险品化学品、监控化学品、易制毒化学品)的研发、销售,仪器仪表的销售,并提供相关技术咨询、技术服务,会务服务,企业管理咨询。等多项业务,主营业务涵盖科研服务,科研检测,学术研究,技术咨询。公司目前拥有较多的高技术人才,以不断增强企业重点竞争力,加快企业技术创新,实现稳健生产经营。公司以诚信为本,业务领域涵盖科研服务,科研检测,学术研究,技术咨询,我们本着对客户负责,对员工负责,更是对公司发展负责的态度,争取做到让每位客户满意。公司力求给客户提供全数良好服务,我们相信诚实正直、开拓进取地为公司发展做正确的事情,将为公司和个人带来共同的利益和进步。经过几年的发展,已成为科研服务,科研检测,学术研究,技术咨询行业出名企业。