我国肝病发生的原因多见于慢性HBV和HCV沾染，此外还与酒精性及非酒精性脂肪肝相关。HBV诱导的肝细胞自噬通常是由HBVx蛋白诱导的，HBx是HBVx基因编码的一种多功能潜在性蛋白，在慢性肝炎、肝硬化和肝病中发挥重要作用。HBx可通过抑制Beclin1与bcl-2结合和JNK-ROS信号通路启动自噬。其他HBV蛋白如HBsAg可通过与折叠错误的蛋白结合诱导自噬。但有趣的是，自噬的发生在肝病中的作用是一个复杂的双向调节过程，虽然HBx和HBsAg可通过不同途径启动和诱导自噬发生，但HBx在体内同时发挥出另一方面的作用，通过对ATP酶与mTOR的诱导，导致溶酶体酸化和降解能力降低，两方面共同作用下，然后体内自噬作用是减弱的。自噬启动的增加及溶酶体工作能力的降低，共同导致了p62堆积，从而促进病毒沾染，导致肝细胞坏死及凋亡增加。而p62的异常堆积可活化核转录因子E2相关因子2（Nrf2），启动抗氧化应激反应，使肝细胞在氧化应激条件下增加病变风险。如何调控自噬，减少肝病发生，并且促进细胞进入自噬死亡程序，已经成为瘤预防和治理研究的新热点。吉林细胞自噬
HCV相关肝病发生的发展过程中，细胞自噬的作用较为复杂，其促进肝病的机制可能与促进病毒复制及扩散有关，此外还与增加肝病细胞对化疗药物抵抗能力相关。研究表明，自噬形成的双层膜结构可能为HCV翻译提供了场所和原料。HCV非结构蛋白4B(NS4B)与Vps34、Ras相关蛋白5(Rab5,一种小GTP酶家族的成员)结合形成复合物，正向调控自噬发生，但抑制自噬前体形成及自噬溶酶体降解，导致异常蛋白质降解能力减弱，自噬降解能力减弱可导致HCV复制增加，肝细胞内病毒堆积，细胞内脂质堆积，进而肝细胞脂肪变性增加，肝细胞坏死、病变可能增加。台州双荧光自噬慢病毒包装在不利环境条件下，细胞通过自噬降解多余或异常的胞内组分，促进生物生长发育、细胞分化及应答反应。
虽然自噬促进剂和自噬阻止剂在临床应用中有广阔的前景，但许多分子存在特异性不足的问题，限制了它们的实际应用。例如，mTOR作为细胞中的一个重要的能量感受器，调控自噬只是其下游众多信号通路中的一个，故而，旨在改变自噬水平的mTOR阻止剂/激动剂，存在许多可能不利于总体疗效的副作用，这限制了雷帕霉素在调整神经退行性疾病中的应用。又例如，氯喹或羟氯喹可以通过扰乱溶酶体功能阻止自噬，增强化疗药物的作用，但其免疫阻止作用有可能不利于总体的抗病效果。自噬并不引发细胞死亡，相反促进细胞存活。
一旦瘤发生后，细胞自噬则转为促进肝病发展的作用。首先可能与自噬维持细胞内稳态、提供营养物质有关，这成为肝病发展的一大促进条件。瘤细胞代谢高，且多处于低氧低pH环境，而细胞自噬使瘤细胞在饥饿、应激反应状况下通过降解各种受损细胞器、异常蛋白质得以存活。研究表明在低氧环境下，50%~60%的瘤细胞中自噬活动明显增多。一项针对156例肝病患者的研究证实LC3-Ⅱ的自噬表达水平随着肝病病程延长而增加，且与恶性转移和低生存率呈正相关。其次自噬还可通过提高肝病细胞的化疗抗性等促进瘤发展，如自噬基因Beclin1或ATG5缺失时，索拉非尼的杀伤瘤细胞能力更强，且抗瘤增殖能力也提高。还有研究表明，乌司他丁可抑制肝病细胞SMMC-7721自噬，从而减弱表柔比星治理肝病时的化疗抵抗。分子伴侣介导的自噬：胞质内蛋白结合到分子伴侣后被转运到溶酶体腔中，然后被溶酶体酶消化。
在自噬过程中，通过压力诱导自噬后，细胞质物质被自噬体的双膜结构隔离。这些自噬体与溶酶体融合，成为自溶体，一些被隔离的货物被降解，然后回收以维持细胞内稳态。在我们的生命中，细胞会因为氧化应激（长期使用和经久不修，会出现老化，失灵的现象，一般情况下，细胞可能会凋亡）而积累损伤，慢慢变老。随着年龄的增长，这种压力会逐渐增加，逐渐削弱细胞活力，使细胞效率降低。而自噬可以清理掉磨损的细胞，并进行更换，从而使细胞衰老的时间延长。自噬是细胞消化掉自身的一部分。自噬在细菌与病原体入侵时产生的免疫防御中起到关键作用。江苏透射电镜检测自噬
噬可以被描述为细胞质内的成分被双层膜的囊泡包裹，形成自噬体，进而传递到溶酶体进行降解的过程。吉林细胞自噬
自噬是一系列自噬体结构演变的过程，由自噬相关基因执行精细的调控。在饥饿、低氧、药物等因素作用下，待降解的细胞成分周围会形成双层结构分隔膜，随后分隔膜逐渐延伸，然后将待降解的胞浆成分完全封闭形成自噬体；自噬体形成后将通过细胞骨架微管系统运输至溶酶体，二者融合形成自噬溶酶体；然后其内容物在溶酶体酶作用下被细胞降解利用。目前研究发现自噬调节涉及多种信号通路，其中以腺苷单磷酸活化蛋白激酶及哺乳动物雷帕霉素受体信号通路为调控中心。AMPK促进自噬发生，而mTOR阻止自噬发生。此外，许多经典的凋亡信号通路或蛋白被发现与自噬调控之间存在着复杂的交织。吉林细胞自噬